A assinatura, em Setembro de 2007, de um Acordo de Cooperação entre Portugal e o Uruguai no domínio da Defesa foi um passo muito importante no relançamento das relações entre os dois países.
 
Desde logo, permitiu a transferência, em 2008, de duas fragatas portuguesas para a Marinha uruguaia; mas impulsionou também o início de um diálogo político que pretende ir identificando continuamente novas áreas de cooperação. Neste âmbito, são claramente dignas de nota a participação de uma oficial da Marinha portuguesa na missão científica uruguaia “Campanha Antárctica 2008-2009” e a cooperação da Estrutura de Missão para a Extensão da Plataforma Continental Portuguesa com o Uruguai.
 
A cooperação directa entre os vários ramos das Forças Armadas também tem sido frutuoso, destacando-se o excelente relacionamento entre as Marinhas dos dois países, que recentemente cooperaram estreitamente na abertura do Museu Naval de Colónia de Sacramento, onde estão exibidas peças de artilharia portuguesa dos séculos XV e XVI.